北京時間 2023 年 10 月 2 日,Nature Genetics《自然•遺傳學》雜志在線發表了華中農業大學園藝林學學院果蔬園藝種質創新與利用全國重點實驗室徐強教授團隊的研究論文 "Pangenome analysis provides insight into the evolution of the orange subfamily and a key gene for citric acid accumulation in citrus fruits",研究揭示了柑橘屬和柑橘亞科的起源和演化曆程,繪制了柑橘亞科的泛基因組圖譜,鑒定了調控柑橘果實檸檬酸積累的關鍵基因,對認識植物果實積累檸檬酸的分子調控機制具有重要科學意義,爲果實風味育種提供了重要基因資源。
" 把柑橘起源的故事講清楚 "
2018 年前後,美國主導的團隊在《自然》雜志上發表研究成果,明确提出柑橘起源于喜馬拉雅東南麓。
這個學說引起了華中農業大學園藝林學學院、果蔬園藝種質創新與利用全國重點實驗室徐強教授的關注。他們開始按圖索骥,緻力于從學理學術上爲柑橘原産于中國 " 正名 " ……
" 喜馬拉雅東南麓這個說法值得懷疑,至少不精确。"" 值得用野生材料加基因組學的研究範式進行再考察。"" 我覺得我們可以更加客觀地把柑橘起源的故事講清楚。" ……博士生黃躍清楚地記得,發現這個 " 漏洞 " 時,他正和徐老師趕去雲南的火車上。
徐強和同學們在讨論科研進展
師徒二人在火車的小桌闆上架起電腦,打開了一幅古大陸闆塊移動模型以及中國柑橘資源的分布圖,開始細細琢磨起來。
如果要推算這次 " 正名 " 時間,可能還要追溯到 2013 年前後。彼時,鄧秀新院士就曾多次帶領徐強等深入南方柑橘分布地區,遍訪古樹、尋找資源。鄧秀新叮囑道:" 好好搜集鑒定一下,如此大規模野生柑橘資源可以作探源研究材料。"
說幹就幹,回到武漢,團隊拟定了詳細的研究計劃。黃躍、徐遠濤和團隊成員開始一起着手資源和數據收集,通過和雲南農科院熱帶亞熱帶經濟作物所、湖南農科院園藝所等單位合作,深入雲南、湖南、廣西、四川、江西等我國南方柑橘分布地區,尋找古樹、尋訪老農、采集資源。經過長時間合作,如今已經和雲南、湖南等地科研人員還有果農建立了友誼和夥伴關系,這層友誼也顯著提升了野生資源采集和觀測的效率。
柑橘亞科形态豐富的果實
柑橘亞科的系統進化和傳播路線
基因編輯敲除 CitPH4 基因顯著降低柑橘果實檸檬酸含量
徐遠濤清楚記得,有一次打聽到雲南瑞麗一帶有項目研究缺少的珍貴材料,徐強立馬從武漢坐飛機到保山,在合作夥伴帶領下驅車三個小時到達野生資源分布區,徒步爬山搜尋 2 個多小時,終于找到需要的樣品。
整個項目過程中,團隊陸陸續續收集了 300 多份資源,其中部分野生、近緣種資源在研究中發揮了至關重要的作用。
越研究越有意思。在一次采樣過程中,團隊偶然獲得了幾個珍貴的柑橘近緣屬果實,品嘗後,大家發現這些果實的風味和預期完全不一樣——它們幾乎沒有柑橘果實特有的酸味。
" 大家經過簡單讨論,認爲這些近緣種和柑橘屬的果實風味在進化種發生了分化!" 爲了深入探究這一現象,黃躍詢問了課題組專攻檸檬酸和代謝研究方向的何佳鮮和鄭偉康,幾人一拍即合,打算共同研究這個現象。這個意外的 " 副産品 " 成爲後面研究成果的一個亮點。
徐強和學生共同探究實驗操作
" 更正、更正、再更正,否定、否定、再否定。最多的時候一天改了 6、7 個版本,最後成果發表時,發現柑橘傳播模型文件夾裏面已經有 50 多個修改版本!"黃躍說,後期資料整理相當費時費力,必須結合實驗數據,反複查閱核對文獻。
爲此,他們形成了固定的工作機制和團隊。每天,他們都會在網絡群組中随時抛出觀點、提出問題、碰撞思想,他們會約定每周六上午九點交流進展,讨論問題及解決方案,反複論證數據分析結果,凝練研究思路……
經過艱辛地探索,他們解析了全球 312 份柑橘亞科種質資源的全基因組數據,推測古印度闆塊可能是柑橘亞科的起源中心,中國南部則可能是柑橘屬的初生起源中心,而喜馬拉雅山東南麓和澳大利亞及附近島嶼則是柑橘的兩個次生分化中心。
" 淮海惟揚州,厥包橘柚錫貢。" 這場 " 正名 " 似與 2000 多年前《尚書 · 禹貢》描述中國柑橘栽培史暗合,它們跨越時空而 " 重逢 "。
" 争取從 98 分考到 100 分 "
走進徐強團隊的實驗室,青春氣息撲面而來。他們說,實驗室 " 三喜臨門 ":一是中秋國慶之喜,二是黃躍新婚之喜,三是實驗室新刊之喜。
師生融樂相聚
取得本次科研成果是實驗室 " 窮理緻知,反躬實踐 " 的一個最好 " 腳注 "。" 實驗室的團結奮鬥是最動人的!" 徐遠濤說。在他看來,自己從一個 " 萌新 " 成長爲團隊的一名 " 幹将 ",得益于勤奮和刻苦,更得益于徐老師的言傳身教。
" 咱們實驗室每天都會‘八卦’一下徐老師昨天的工作時長,昨晚究竟休息了幾個小時…… " 黃躍笑着說,這就是實驗室的奮鬥記憶," 由甲同學提出今天最早與徐老師聊課題的時間爲 7:30;由乙同學說一下晚上與徐老師道别的時間爲 23:30 ……才發現不算上下班和吃飯,他今天至少工作了 12 個小時…… "
徐強和學生在實驗基地現場
" 做科研一定要有沖勁兒,要講效率,不能慢。"徐強經常告誡團隊師生,而他自己也是這樣地堅守的。上午在北京開會,下午趕飛機去雲南學術報告,晚上 " 紅眼航班 " 回武漢,第二天早上 7 點準時到辦公室與學生聊科研進展……這樣的拼勁闖勁深刻影響着實驗室的每位同學。
科研有時候也會 " 返璞歸真 "。何佳鮮同學是研究柑橘果實酸度的調控機制的,每次測定果實或者葉片的酸度都是通過酸度計或者其他精密儀器進行測定,記錄下酸含量具體的數據。一次,徐老師幹脆親自嘗了柑橘和拟南芥再測定,于是" 先嘗爲敬 " 成了實驗室不明文的規定。
設備是忠實的,但人的體驗更加靈動、更具創新,這或許就是科研的方法論。
柑橘是全球和我國最重要的果樹之一。2022 年中國柑橘種植面積超過 4500 萬畝,産量超過 5500 萬噸,柑橘産業在國民經濟發展和鄉村振興事業中發揮重要作用。團隊的師生希望繼續努力,把科研成果轉化爲種質資源,賦能中國種業安全和鄉村振興……
" 好,不如更好。"徐強說。如果今天的研究成果是 98 分,那麽團隊還要争取向更難、更高質量的 100 分沖刺!
奔着這個目标,他們幹勁十足!
論文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01516-6